Alex adalah sebuah Prototype, seorang perubah bentuk yang sangat kuat di kota Manhattan. Untuk merubah penampilannya, yang harus Alex lakukan hanyalah memakan manusia yang menjadi korbannya. Setelah dilakukan, otomatis ia akan bisa menggunakan identitas orang tersebut. Di saat kamu sedang kebingungan dengan identitas dan apa sebenarnya dirimu itu, sebuah cabang militer top-secret yang bernama Black Watch Special Forces tiba-tiba mulai memasuki kawasan perkotaan untuk mengumumkan sebuah hukum baru tepat di saat kamu berada disana. Tampaknya hal ini bukan sebuah kebetulan belaka.
Selain mereka, ada satu pihak lagi yang ikut terlibat yang memiliki julukan the Infected. The Infected merupakan makhluk hasil mutasi yang telah menduduki kota NYC. Dengan semua kebetulan tersebut, kecurigaanmu bahwa ada hubungan antara semua yang terjadi semakin besar.
Memang cerita Prototype mulai sebagai sebuah misteri, tapi cerita dari Protoype ini memfokuskan pada permasalahan di dunia nyata dimana sekarang banyak sekali bencana alam, rasa ketidakpercayaan terhadap pemerintah, penyebaran virus dan juga konspirasi. Konspirasi inilah yang harus kamu ungkap untuk mempelajari asal-usulmu yang sebenarnya. Eric Holmes selaku pemimpin desain mengatakan bahwa ada banyak sekali rahasia yang harus diungkap saat memainkan game ini untuk mengungkap cerita sebenarnya disini.
New York City sendiri juga memainkan bagian yang cukup penting dalam game ini. Struktur dan penampilan dari lingkungan sekitar berubah seiring dengan perjalanan dalam game ini. Kota tersebut akan terbagi dalam lusinan zona yang terus menerus mengalami perubahan kendali antara keamanan (yang dikendalikan oleh pihak militer), netral (tidak dikendalikan oleh siapapun), outbreak (dikendalikan oleh The Infected) dan zona perang (yang diserang habis-habisan oleh seluruh fraksi). Setiap zona yang ada akan memiliki penampilan yang sesuai dengan statusnya sekarang. Jadi zona aman akan penuh dengan blokade dan kendaraan tentara militer, sedangkan zona outbreak akan terlihat kacau dan penuh dengan makhluk mutasi.
Atmosfer dalam permainan sudah tentu akan bersifat kelam. Dapat kita lihat dari banyaknya dipergunakan kata-kata seperti bunuh, hancurkan, psikotik, terisolasi, sendirian dan tragis. Selain kelam, permainannya juga brutal dan kejam. Sebagai Prototype, kamu tidak akan terhentikan sama sekali. Walaupun ia terlihat seperti manusia biasa, Alex bisa lari lebih cepat dari kendaraan, dapat melompat dengan ketinggian yang mengagumkan dan dapat mendarat dari ketinggian yang teramat sangat tanpa mendapat cedera.
Minimum Specification:
OS: Windows XP/Vista
Processor: Intel Core 2 Duo @ 2.6 Ghz / AMD Athlon 64 X2 5200+
Memory: 1 Gb
Hard Drive: 8 Gb free
Video Memory: 256 Mb
Video Card: nVidia GeForce 7800 / ATI Radeon X1800
Sound Card: DirectX Compatible
DirectX: 9.0c
Recommended Specification:
OS: Windows XP/Vista
Processor: Intel Core 2 Duo @ 3.0 GHz / AMD Athlon 64 X2 6000+
Memory: 2 Gb
Hard Drive: 8 Gb free
Video Memory: 512 Mb
Video Card: nVidia GeForce 8800 / ATI Radeon HD 2900
Sound Card: DirectX Compatible
DirectX: 9.0c
